ČR se také musí přizpůsobit od ledna 2009 změně kilometráže na Labi. Nultým kilometrem byl na území republiky dosud soutok Labe s Vltavou a plavební kilometry se počítaly od nuly na obě strany.

Od 1. ledna 2009, kdy novela nabude účinnosti, bude za nultý kilometr považováno ústí Labe do Severního moře a české značení tím naváže na značení na německém území na hranici kilometrem 730.

Soutok Labe s Vltavou nebude již kilometrem nula jako dosud, od kterého se počítal směr po proudu a proti proudu, ale soutok obou řek bude na Labi km 836,9. Dosavadní nula, tedy počátek značení, bude nahrazena vzdáleností od ústí Labe do moře.

Tím dostane i na českém území labská vodní dálnice jednotné evropské kilometrové číslování. Bohužel nově zjednodušený přehled dopravci bude málo využit, protože dosud nebyl vybudován mezi Děčínem a Ústím jediný jez. Proto doprava materiálu po Labi zůstane i nadále na minimální úrovni.

Podle Jiřího Astera, místopředsedy Krajské hospodářské komory Ústeckého kraje, by k rozvoji mohlo dojít s pomocí financí EU v oblasti dopravy v okamžiku, kdy bude realizován na Děčínsku na Labi jez, který by umožnil dojezdy do Ústí alespoň pomocí takzvaného vlnování ze střekovské zdrže, dokud nebude dostavěna další plánovaná stavba nad Děčínem.